Ele foi detido pela PF porque os investigadores que o monitoravam suspeitavam que ele estava tentando fugir do país, já que embarcava apenas com passagem de ida. Após a detenção, Barata foi conduzido ao IML e em seguida para a Superintendência da Polícia Federal, na Zona Portuária da capital fluminense.

Barata foi preso pela Operação Lava-Jato, e de acordo com a polícia ele já sabia que estava sendo investigado pois carregava consigo um ofício recebido por seu banco determinando a quebra de seu sigilo bancário.

O que a investigação está revelando é algo que todos os cariocas já sabiam: Barata, o "rei da máfia do ônibus", desembolsava milhões em propina para diversos políticos do Rio de Janeiro para manter seu negócio de lucrar milhões com que os trabalhadores e o povo carioca passam todos os dias em ônibus precários, lotados e em grande parte sem ar condicionado, bem como com o suor dos motoristas (muito cumprindo a dupla função de cobrador) e cobradores, com seu baixos salários e jornadas extenuantes.

A conivência dos governos regados pela propina de Barata é o que permite que ele siga lucrando com nosso sufoco. Mesmo com a obrigatoriedade do ar condicionado já aprovada em lei, e sendo uma promessa de campanha de Crivella, as coisas continuam tão ruins quanto antes, e se deslocar no Rio é uma verdadeira odisseia.

A revolta da população contra Jacob Barata é proporcional à precariedade e os altíssimos preços da tarifa na cidade. Em 2013, quando o aumento da tarifa em vinte centavos foi o estopim da revolta que incendiou Brasil, o casamento luxuoso da filha de Barata, Beatriz Perissé Barata com Francisco Feitosa Filho, herdeiro do ex-deputado federal cearense Chiquinho Feitosa, foi alvo dos protestos da juventude, que foram à porta da Igreja do Carmo protestar, e depois ao local da festa, no Copacabana Palace. Os milionários convidados de Barata provocaram os manifestantes jogando notas de dinheiro sobre eles, que foram retrucadas com objetos arremessados.

A defesa jurídica de Jacob Barata se pronunciou afirmando que ele não tentava fugir, e disse que: ele "estava realizando viagem de rotina a Portugal, onde possui negócios há décadas e para onde faz viagens mensais".